人類對自己身體的探索從未停止，古希臘名醫，有著醫學之父之稱的希波克拉底曾描述過一種直腸診視器，該診視器與我們今天所用的器械十分相似。進入20世紀隨著科技的進步，電子內窺鏡開始了快速的發展。

從20世紀90年代初開始，超聲內鏡引導下的介入診斷和治療技術逐步應用于臨床，并取得了蓬勃發展，成為消化道、膽胰疾病診療不可或缺的技術手段。1990年，日本原田等報道了超聲內鏡下穿刺法的基礎研究，經內鏡下食管靜脈穿刺成功地對犬的食管旁淋巴結進行針吸活檢。

1992年Vilmann等首次報道了內鏡超聲引導下胰腺病變的細針吸取細胞學檢查，即通常所說的EUS-FNA（Endoscopic ultrasonography guided fine needle aspiration）。此后，EUS引導下細針穿刺活檢拓展到經支氣管針吸活檢。EUS特別是EUS引導下的介入診斷技術在某些方面（如微小病灶診斷，病變性質判定，腫瘤分期準確性等）已展現出CT、MRI、ERCP、MRCP等影像學技術難以比擬的優勢，可與現有其他影像技術聯合提高診斷準確性。

隨著臨床應用的不斷深入，超聲內鏡技術的發展也日新月異。例如，基于CCD/CMOS圖像傳感器的電子胃腸鏡取代纖維胃腸鏡，使超聲內鏡的光學圖像分辨率也得到了顯著提升；具備更大超聲視野的縱軸掃描超聲內鏡、提供更大鉗道的超聲內鏡的開發，使EUS引導下的介入診療更加便捷；具有三維重建功能、二次諧波成像、造影諧波成像及彈性成像功能的新技術也在超聲內鏡中得到應用。

此外，目前超聲內窺鏡的超聲圖像處理器能夠支持普通B超、彩色多普勒超聲成像、二次諧波超聲成像、造影諧波成像、超聲彈性成像、三維超聲成像等多種成像模式。未來超聲內窺鏡還將可能與虛擬導航、共聚焦激光掃描顯微成像、光學相干層析成像、光聲成像等技術結合或深度整合，拓展超聲內窺鏡的臨床應用領域。

目前國外超聲內窺鏡技術的發展和臨床應用已經比較成熟。無論國際或國內，超聲內窺鏡市場基本都被日本三大內窺鏡廠商壟斷。

Olympus是國際上最早開展超聲內窺鏡研發的公司之一。早在1980年，Olympus即與Aloka合作研制了機械環掃式超聲探頭。Olympus還推出了世界首臺兼容機械掃描與電子掃描的超聲圖像處理器EUS-ME1。目前，Olympus是擁有規格最多、種類最全的電子掃描超聲內窺鏡圖像處理器、鏡體及微探頭的廠商。

Fujifilm通過收購Sonosite開始超聲內鏡研發，并推出了具有自己特色的超聲內鏡主機、鏡體及微探頭系列產品。例如，其超聲內鏡圖像處理器SU-8000兼容環陣和線陣電子超聲內鏡，同時提供獨有的穿刺引導線，保證穿刺的準確性。

Pentax的超聲內窺鏡鏡系統采用Hitachi的超聲換能器及超聲系統HI VISION Preirus，其超聲圖像質量高，但鏡體操控性稍差。

開立醫療2017年推出了國產首臺電子環掃超聲內窺鏡EG-UR5樣機，現已取得CE認證，使開立醫療成為繼日本三大內鏡廠商之后國內首家、世界第四家掌握超聲內鏡關鍵核心技術的醫療器械企業。