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MRI的禁忌癥很少，由于強磁場，不應將金屬或電子設備帶入掃描室，因為它們會產生安全隱患并導致圖像偽影。存在導致移動或轉動，產生熱量或電流或導致設備故障的風險。此外，物品可能會變成拋射物或卡在機器中。
以下是一些可能禁忌的項目：
創傷，機械心臟瓣膜，外科植入物，板，螺釘，釘書釘和夾子以及含有金屬的假體的異物
起搏器，人工耳蝸，藥物輸注端口，胰島素泵，深部腦刺激器和其他電子設備
金屬牙種植體和填充物
鑰匙，眼鏡，穿孔，珠寶，發夾，尋呼機，手表，錢包，身份證和筆等配件
氧氣罐，推車，椅子，靜脈輸液架和其他醫療設備
防止仰臥定位的物理限制，例如嚴重的呼吸窘迫或明顯的脊柱后凸或脊柱后凸，可能使患者不適合進行MRI檢查。無法安裝在桌子上或機器內（例如，肥胖患者）也妨礙了MRI。
誰是病人無法靜靜地躺著，如許多兒童，患者的運動障礙，或重度疼痛的患者，也可能是不適合的MRI和可能需要鎮靜或全身麻醉。同樣，患有嚴重焦慮癥或幽閉恐怖癥的人可能需要輕度鎮靜或抗焦慮藥物。
除非必要，否則由于其較長的掃描持續時間，MRI也不適用于緊急情況。
雖然由于缺乏電離輻射，懷孕不是禁忌癥，但仍建議盡量少使用MRI。基于釓的造影劑能夠穿過胎盤并且不應該施用，特別是在妊娠早期。
對于晚期腎功能不全，急性或慢性的患者，不推薦使用造影劑; 因此，可能需要除MRI之外的成像模態。
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